西野です。

>ソースを確認すると、
>XMLOutputter  のコンストラクタでエンコーディング指定を渡しているのなら，
>OutputStreamを渡すと、内部でWriterでくるんでくれるようです。
>
>バッファのフラッシュのタイミングを気にしない（GCに任せる）のなら次の記述でOKです。
>
>out.output(doc, new java.io.FileOutputStream(f));
>
もちろん、仰るとおりなんですが、質問者のかずほさんが、writer系にこだわっているように見受けられましたし、writerを使う場合は、エンコードを明確にしなければならないことを示すために、最初streamだったのを撤回して、writerでのやり方をお見せした次第です。
以上です。