いいじまさま、ウルトラCのご教授ありがとうございました。
今回の投稿はfj.os.linuxの方にもさせて頂きました。なお
フォロー先はfj.os.www.servers の方に変更させていただ
きました。なれないことで申し訳ありません。

> これは、どうやって確認しました？
Linux機の方で確認しました。


> スペルミスがないとすると、改行コードとパーミッションを確認してみてくださ
い。
CGIファイルはWindows機の方でJmEdit2というフリーのエディタを使って
作成し、FFFTPでLinuｘ機の方に送っています。改行コードはLFだけにしたり、
Windows標準のCR+LFにしたり、言語コードもSJIS、EUC、UTF-8といろいろ
のタイプで保存したものを送っています。パーミッションはFTPで変更したり、
Linux機の方で直接変更したり、いろいろですが、CGIファイルは755で統一
しています。

　教えていただきました　od コマンドで　.plファイルや.cgiファイルを見て
びっくりしました。おっしゃる通りですね。1行目が正常に認識されていない
ファイルはすべて #!/usr/bin/perl の直後が　\n ではなくて、\r になっていま
した。それで教えていただきました、私にとりましては呪文のようなコマンドを
Linux機のほうでシェルから入力して見ましたが、　￥ｒをとることは出来ません
でした。ただそれはそれでいいと思っています。

　FFFTPは拡張子で自動判断して転送モードを決定しますが、念のために、
アスキーモードを指定して転送してもやはり同じです。ただ今回のお教えで
改行コードですか、目に見えないところでの違いが良く分かりました。時間を
かけて根本的な原因をさぐっていくつもりです。どうもありがとうございました。
----rei