山口です。

>> > 実際は
>> > java　Transform Sample.xml sample1.xsl　result.xml
>> > でやったのですが、
>> > 先のエラーが出るのです。
>> 
>> 出ないと思うけどなぁ。
>> ソース内でSample.xmlってクラスが参照されているのでもない限り…。

Sample/xmlが出る場合

  > java Sample.xml Sample1.xsl result.xml
  Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: Sample/xml

Transformを指定した場合

  > java Transform Sample.xml Sample1.xsl result.xml
  Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: Transform

クラス名は transform で、ファイル名も transform.class だけど Transform
を指定した場合

  > java Transform Sample.xml Sample1.xsl result.xml
  Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: Transform

クラス名は Transform 、ファイル名は Transform.java 、classファイルが
transform.class の場合

  > java Transform Sample.xml Sample1.xsl result.xml
  Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: Transform

で、やっぱりこの大元の記事のようなエラーメッセージを出すには、神戸さん
の指摘の通り、Sample.xmlというクラスをどこかで呼び出しているんではない
かと。

そのフォルダでのdir結果とjavaコマンド実行結果を知りたいですね。


以下、余談になりますが、

小文字で始まるクラス名があって、それをsvnで登録していて、でも svn delete
したら、今度は大文字に直したクラスをsvnに登録できなくなった、というトラ
ブルに遭遇したことがありました。

大文字と小文字が中途半端に区別できなくなる環境はやっぱ嫌ですね。
# 小文字で始まるクラス名も違和感有りますが。
-- 
 Tadasuke YAMAGUCHI @ Hyogo