山口です。

>> xslをxmlに変換する「transform.class」というclassファイル
>> 作成までは出来たのですが、
>> 同一フォルダにSample.xmlと Sample1.xslと上記クラスファイル
>> を置いて
>> java Sample.xml Sample1.xsl result.xml
>> を、「コマンドプロンプト」で実行しても
>> 下記エラーがでて、しまいます。
>> Exception in thread in　"main" java.lang.NoClassDefFoundError:Sample/xml

これは Sample/xml クラスがない、という例外です。

でも、今回は transform というクラスを作成されて、それに処理をさせ
たいので、実行時に transform を指定する必要があります。

java transform Sample.xml Sample1.xsl result.xml
# Sample.xml以降は、transformが期待する引数が何か不明なので推測

つまり、javaコマンドで transform を指定しなくちゃなりません。
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 Tadasuke YAMAGUCHI @ Hyogo