山口です。

Free Mindを起動するのにJREの設定が必要なことに気付かなくって
ハマってしまいました。

確かにこいつだとMap間連携が出来ないですね。1つの発想が起点に
あって、そこから階層構造を作っていくイメージですね。

>> 落書モードから清書モードに移るときとか、仕様モードから実装モ
>> ードに移るときとか。同じ問題でも視点が変わる時ってありますよね。

あぁ、なるほど。

とすると、PersonalBrainはどうでしょう。
http://www.thebrain.com/LPS/PBMM/

3Dで見た目に楽しい特徴はさておき…

 1. MapとNodeの違いはなく(thoughtという)、親子の関係で次々に繋げていける
 2. thoughtにURLやファイルを紐付けて、クリックで開けられる
 3. thought間はm:nの関係で連携できる(と思う)
 4. thoughtが増えていくと、見辛い

MapとNodeという区別に縛られず、親は1つ、という訳でもないので
発想を網目のように繋げていけます。仕様モードと実装モードの区別
はどうやるかちょっと思い付きませんが...。

あと、概要などを話すプレゼンには適しているんじゃないかと。
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 Tadasuke YAMAGUCHI @ Hyogo