ストーリー:
目を覚ました時, 彼は見覚えのない部屋にいた。逃げ出した彼に襲いかかる「敵」, しかし銃撃してくる「敵」を, 彼は傷一つ負わずに打ち倒す。自分の超人的な能力に驚く彼だが, 「敵」はさらに数を増して追い詰めてくる。
頭の中で囁く「001」と名乗る声に導かれ辿り着いたところには, 彼と同様に超人的な力を持つ者が集まっていた。それぞれが力を振るって「敵」の妨害をはねのけ, 能力者達と彼は輸送機で脱出する。彼らは何者なのか。自分は何者なのか。自分達を支配しているという「ブラックゴースト」とは一体何なのか。それを知るために, 彼は能力者――サイボーグ達の仲間となった。彼の名は「サイボーグ009」。