今のエクスプローラはいつからできたか？と聞かれればWindows 95からでしょう。
Windows 3.1のファイルマネージャはエクスプローラとは別物と考えた方が良いで
す。
ファイルマネージャは純粋にファイルを操作する、いわゆる「ファイラー」です。
それに対してWindows 95からのエクスプローラはファイラー部分もかなり作り変えら
れ、さらに従来の「プログラムマネージャ」にあたるタスクバーやスタートメニュー
などのシェルの部分を追加された２つの顔を持ったものです。

#ファイルマネージャがシェルとして使えないわけではありません。

あとWindows 95/98ではファイルマネージャが付属しています。
スタートメニューの「ファイル名を指定して実行」から"WINFILE"と打ち込んでOKを
押してみて下さい。ただし使い物にはならないと思います……。
Meはわかりません。2000/XPはないようです。