Windows 2000のsetup.exeは、DOSモード(つまりWin98の起動ディスク)
からは起動できません。
CドライブのWindows98を起動して、Windows上からd:\setup.exeを起動し
Cドライブにアップグレードインストールすると言う手段でどうでしょうか?

"kikuma" <kiku_m@fbe.freeserve.ne.jp> wrote in message 
news:413bbdab.3869%kiku_m@fbe.freeserve.ne.jp...
> OSの再インストール以下の環境で、
> CドライブにOSを再インストールをしようと思っていますが、
> (3)のメッセージが出てしまいます。
> ご教授お願いします。
...
> (2)Dドライブにwindow2000のCDイメージをコピー
>
> (3)windows98の起動ディスクで立ち上げ
>
>>D:\setup.exe
>
> this program cannot be run is dos mode
>