山口です。

>>  Windows XP用途に提供されたライブラリ(*1)をUNIXマシンから
>> 利用するような場合、最も良い方法はありますでしょうか？

>>    1. (*1)のライブラリは.NET開発環境用途のバイナリ提供なので中身は不明です。
>>       ライブラリに含まれる関数の使い方はマニュアルで提供されています。

+Windows BOX--------------------+                          +UNIX BOX-----+
|Windows Library <- JNI -> Java | <==== RMI (TCP/IP) ====> | Java <--> ? |
+-------------------------------+                          +-------------+

はどうですか?
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 Tadasuke YAMAGUCHI @ Hyogo