yas@is.tsukuba.ac.jp (Yasushi Shinjo) writes:

  > ビデオや音声データの形式を変換するプログラムとしてはどれがお
  > 奨めでしょうか。Unix (Linux含む) や MacOSX で動くプログラム
  > がいいです。

transcode (A text-console utility for video stream processing,
http://www.transcoding.org/) がいいんじゃないでしょうか。
transcode 自信にもいくらかのコーデックはもっていますが、下まわりに
ffmpeg や mplayer、Win32-codecs などをつかってさまざまなフォーマットに
対応しています。
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                                うがい＠あつぎ．かながわ．にっぽん