EPSとPDFの両方を用意しておき, \includegraphicsでは, 拡張子をつけないで
ファイル名を記述する, dvipdfmxで処理するときには, graphics package に 
dvipdfm を指定して, PDF がそのまま使用されるようにする, で, dvips では 
EPSを, dvipdfmx では PDF を使用するようにするのも一案です.

PDF の場合には, BoundingBox の取得が必要なので, 予め取得して omni.bb 
をつくっておくか, mediabb.sty を使ってタイプセット時に MediaBox の値を
取得するか, が必要です.

\documentclass{jarticle}
%\usepackage{graphicx}
\usepackage[dvipdfm]{graphicx}
\usepackage{mediabb}
\begin{document}
\includegraphics{omni}
\end{document}

Mac OS X の EPS から PDF への変換では, 日本語フォントがEPSに埋め込まれ
ていなければ文字化けします.
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内山 孝憲