yas@is.tsukuba.ac.jp (Yasushi Shinjo) writes:

> この問題を誤魔化すような方法は、ないでしょうか。たとえば、
> chflags を実行しないようにするとか。

空の chflags 関数を作って ELF ライブラリにして、
それを環境変数 LD_PRELOAD に指定する、
というのはどうですか。 
BSD 系でこの技が使えるか分かりませんが…