資金疑惑
2004年の衆議院予算委員会で、自由民主党および公明党所属の議員により、自由党解散直前の資金の流れについての疑惑が提起された。自民公明の政権与党両党の議員による調査では、民主党は、合併2日前に自由党に3億円を寄付し、さらに解散当日、自由党は、所属国会議員の政治資金団体などに合計13億円超を寄付をしているとされた。
この調査結果について、自公両党の議員は、「不透明な行動であり、政党解散に伴い国庫に返還しなければならない政党助成金の残金の返還逃れと見られても仕方がない」として現・民主党を批判した。なお、民主党では、「旧自由党の会計は外部監査などでも適正であり、銀行への借り入れも完済されている」などととして、与党議員の指摘に反論している。
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