畑です。

>   use encoding 'shiftjis' を付加し実行すると $new の末尾に
> 0x0D が 付いているようです。 rename に or warn $! を付加し
> た所、
> 
>     Permission denied at t.pl line 16, <STDIN> line 3.
> 
> のようなメッセージが表示されました。

rename() ではなく以下のように sysytem() で DOS コマンドの ren に渡すと
“とりあえず”上手く行きました（それでも潜在的に $! は出ているようなんです
が）。

#!/perl/bin/perl -w
use 5.008;
use strict;
use warnings;

use encoding 'shiftjis';

print 'Old pattern: ';
chomp(my $opat = <STDIN>);
print 'New pattern: ';
chomp(my $npat = <STDIN>);
print 'Starting #: ';
chomp(my $i = <STDIN>);

my @flist = glob($opat);
foreach my $old (@flist) {
    my $new = sprintf($npat, $i++);
    print "Renaming $old --> $new\n";
    system('ren', $old, $new);
}

print "Done.\n";
__END__



>   関係ありませんが、ポストされた記事が

>>Win98SE &#12391;&#12289;ActivePerl 5.8.6 Build 811
>>&#12434;&#20351;&#12387;&#12390;&#12356;&#12414;&#12377;&#12290;

> のようになっています。

ysk6406@mail.goo.ne.jp さんが Google からポストしているのが原因だと思わ
れます。

氷炎雷光風さんの
<http://www.interq.or.jp/uranus/cuncuku/nihongo/fjapanihon_words.html#google>
という文書あたりを参考にしてみるといいと思います（> ysk6406 さん）。

-- 
Masanori HATA