自己レスです。解決しました。

他のサイトでこの質問について回答をいただき、無事解決することができました。

/usr/ports/distfiles/gnome2/にあるlibxml2-2.7.8.tar.gzソースファイルを削除するなり、入れ替えればよかったのですが、なぜかソースファイルを/usr/ports/distfiles/に置いてしまったためエラーが発生したようです。
また、Fetchの処理についてググってみたところ、Fetchの処理に不具合があり、既に同じ名前のファイルがあると、内容が更新されているにも関わらず、更新後のファイルがダウンロードされず、チェックサムの比較でひっかかるようです。